遺伝子変異とタンパク質の立体構造をつなぐ新しいポータルサイトを公開！ ～創薬への応用に期待～

遺伝子変異とタンパク質の立体構造をつなぐ新しいポータルサイトを公開！～創薬への応用に期待～

2024年10月31日 14:00 | プレスリリース?研究成果

【本学研究者情报】

〇東北メディカル?メガバンク機構　副機構長　教授木下賢吾

【発表のポイント】

日本人遗伝子変异情报とタンパク质の配列?立体构造情报をつなぐ新しいポータルサイトを构筑し、日本蛋白质构造データバンク（PDBj）の新しいサービスとして公开。
新しいポータルサイトは、国立大学法人東北大学東北メディカル?メガバンク機構（ToMMo）が构筑している日本人多层オミックス参照パネル（jMorp）収録の遗伝子変异をタンパク质の立体构造上に简単に表示できるツールを実装。これまで必要だった変异とタンパク质の立体构造を対応づける复雑な作业が不要に。
タンパク质立体构造情报と遗伝子変异情报の创薬への応用が加速することに期待。

【概要】

国立大学法人大阪大学　蛋白質研究所　日本蛋白质构造データバンク（Protein Data Bank Japan :PDBj　代表栗栖源嗣教授）^※¹と国立大学法人東北大学東北メディカル?メガバンク機構（ToMMo 機構長山本雅之教授）^※²は、日本人遗伝子変异情报とタンパク质配列?立体构造情报をつなぐポータルサイトを构筑し、笔顿叠箩の新しいサービスとして公开しました（）。

新しいポータルサイトには、ToMMoが構築している日本人多层オミックス参照パネル（jMorp：Japanese Multi Omics Reference Panel　代表　木下賢吾教授）^※³収録の遗伝子変异へのリンクが掲载されているだけでなく、変异をタンパク质の立体构造上に简単に表示するツールも実装しています。遗伝子変异とタンパク质の立体构造の対応づけは、烦雑な作业が必要ですが、今回开発したポータルサイトにより、简単に対応関係を调べることができるようになりました。

タンパク质立体构造情报と遗伝子変异情报の医学?创薬への利用を加速し、新たな治疗标的の発见や治疗方法の开発に役立つことで、プレシジョンメディシンの进展につながると考えられます。

図２. 日本人の遗伝子変异とタンパク质の配列?构造をつなぐ新しいポータルサイト（例　UniProt ID: P20813） jMorpに収録されている変异箇所を立体构造上で简単に确认できる配列パネルと立体构造パネル、新しい品质スコアに基づいた构造のランキングを示すパネルなどで构成されている。

【用语解説】

※1．日本蛋白质构造データバンク（Protein Data Bank Japan :PDBj　代表栗栖源嗣教授）
URL:
日本蛋白质构造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は、2000年に大阪大学蛋白质研究所に共同利用?共同研究拠点活动を担う组织として设置されました。20年にわたりアジア?中东地区からのタンパク质や核酸の立体构造情报を収集?编集?登録し、米国RCSB、BMRBおよび欧州 PDBeと协力して、国际的に统一化された一つの蛋白质构造データベース（PDB）として全データを大阪大学から世界に発信しています。

※2. 东北大学东北メディカル?メガバンク机构（ToMMo　機構長山本雅之教授）
URL:
东日本大震灾からの復兴と、个别化予防?医疗の実现を目指し2012年に设立された组织で、岩手医科大学いわて东北メディカル?メガバンク机构とともに、东北メディカル?メガバンク计画を推进しています。东北メディカル?メガバンク计画は、2013年より合计15万人规模の地域住民コホート调査および叁世代コホート调査等を実施して、试料?情报を収集したバイオバンクを整备しています。さらにバイオバンクの试料?情报を产学问わず利活用できるよう、仕组みの整备、データベースの构筑などを行っています。本计画については、2015年度より、国立研究开発法人日本医疗研究开発机构（AMED）が研究支援担当机関の役割を果たしています。

※3. 日本人多层オミックス参照パネル（jMorp：Japanese Multi Omics Reference Panel　代表　木下贤吾教授）鲍搁尝:
日本人多层オミックス参照パネル（Japanese Multi Omics Reference Panel：jMorp）は、東北　大学東北メディカル?メガバンク機構 (ToMMo) が、東北メディカル?メガバンク計画におけるコホート調査にご参加いただいた方のゲノム?オミックスデータを解析し、その統計データを公開しているウェブサイトです。jMorp は、2015年7月にメタボローム?プロテオームデータの解析结果を公开するデータベースとして诞生し、その后、毎年アップデートを行い、ゲノム?トランスクリプトーム?メタゲノムなどのデータを追加し、现在に至ります。